В июле 2006 г. по инициативе короля Иордании Абдаллы II Бен Аль-Хусейна было принято решение предоставить России землю на территории заповедника «Место Крещения Иисуса Христа» для строительства паломнического центра. В феврале 2007 г. участок земли площадью в 10 гектаров был официально передан России правительством Иорданского королевства в бессрочное и безвозмездное пользование. Встреча прошла на высшем уровне: в церемонии принимали участие король Иордании Абдалла II и президент России Владимир Владимирович Путин.

Вскоре по указанию В.В. Путина началась реализация проекта гостиницы, а по завершении строительства Дом паломника и весь прилегающий комплекс земельных участков и построек был передан в безвозмездное пользование Русской Православной Церкви для организации паломнических туров и приема туристов.

Открытие комплекса, который стал называться Русский Странноприимный Дом на месте Крещения Господня, состоялось 26 июня 2012 года а рамках официального визита Президента Российской Федерации В.В. Путина в страны Ближнего Востока. Освящение храма при Странноприимном доме совершил Патриарх Святого Града Иерусалима и всей Палестины Феофил III в сослужении руководителя Управления по загранучреждениям Московской Патриархии архиепископа Егорьевского Марка.

В октябре 2012 года в Дом Паломника прибыла первая группа паломников, а позднее, в ноябре 2012 года Странноприимный Дом на месте Крещения Господня посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл в рамках официального визита в Святую Землю.